לימודי המוסמך מוצעים בשתי מגמות, מתוכן יבחרו התלמידים באחת:
מוסיקה מערבית אמנותית - ביסודה של מגמה זו עומדת ההתפתחות ההיסטורית של המוסיקה האמנותית המערבית תוך זיקה לתולדות התרבות והחברה. הכיוונים העיקריים במגמה זו הם ההיסטורי, התאורטי, האנליטי, האסתטי-תרבותי והקוגנטיבי.
אתנומוסיקולוגיה ומוסיקה..
לימודי המוסמך מוצעים בשתי מגמות, מתוכן יבחרו התלמידים באחת:
מוסיקה מערבית אמנותית - ביסודה של מגמה זו עומדת ההתפתחות ההיסטורית של המוסיקה האמנותית המערבית תוך זיקה לתולדות התרבות והחברה. הכיוונים העיקריים במגמה זו הם ההיסטורי, התאורטי, האנליטי, האסתטי-תרבותי והקוגנטיבי.
אתנומוסיקולוגיה ומוסיקה של היהודים - במגמה זו יושם הדגש על שיטות מחקר של מסורות מוסיקליות שבעל-פה, במיוחד על מוסיקה יהודית ומוסיקה מן המזרח התיכון וצפון אפריקה.
לימודי המוסמך מתקיימים במסלול מחקרי ומסלול לא-מחקרי. המסלול המחקרי, דורש כתיבת חיבור מקורי, בעל אופי מחקרי והוא מתאים לסטודנטים השואפים להמשיך לתואר השלישי. המסלול הלא-מחקרי מתאים לסטודנטים ששואפים לעסוק בתחומי ההוראה השונים ולהשתלב בפעילות המוסיקלית הכללית, כגון ביצוע הפקה ועיתונות מוסיקלית. קיימים מסלולים מיוחדים עבור בוגרי תראפיה במוסיקה. בנוסף מתקיימים לימודי מוסמך במסלול משותף עם האקדמיה למוסיקה.