המחלקה לתלמוד עוסקת במחקר התורה-שבעל-פה ובהוראתה, על היבטיה הפילולוגיים, הספרותיים, ההיסטוריים והמשפטיים. הספרות הנלמדת כוללת את ספרות התורה שבעל-פה לדורותיה, דהיינו: ספרות התנאים (משנה, תוספתא ומדרשי הלכה) והאמוראים (התלמוד הירושלמי והתלמוד הבבלי), ספרות האגדה והספרות הרבנית שנוצרה בדורות שלאחר..
המחלקה לתלמוד עוסקת במחקר התורה-שבעל-פה ובהוראתה, על היבטיה הפילולוגיים, הספרותיים, ההיסטוריים והמשפטיים. הספרות הנלמדת כוללת את ספרות התורה שבעל-פה לדורותיה, דהיינו: ספרות התנאים (משנה, תוספתא ומדרשי הלכה) והאמוראים (התלמוד הירושלמי והתלמוד הבבלי), ספרות האגדה והספרות הרבנית שנוצרה בדורות שלאחר חתימת התלמוד ועד ימינו. הספרות הרבנית מוגדרת בצורה רחבה ביותר והיא כוללת פרשנות תלמודית, ספרי פסיקה, אוספי מנהגים וספרות השו"ת.
בקורסי מבוא לומדים תלמידי המחלקה את הגישות והשיטות של המחקר האקדמי בכל תחום, קוראים בספרות המקורות ובספרות המחקר, נחשפים לבעיות העולות מן המחקר המדעי של הטקסטים ורוכשים כלי מחקר ומתרגלים את השימוש בהם. בקורסים מתקדמים התלמידים מעמיקים את היכרותם עם השיטות המדעיות והמתודולוגיות השונות הנוהגות בכל תחום. התלמידים מתבקשים לנסות את כוחם ביישומן של שיטות אלה על-ידי כתיבת עבודות סמינריוניות בתחומים הנלמדים. הקורסים עוסקים במגוון רחב של נושאים, ובהם: ספרים מיוחדים, עולם האמונות והדעות של חז"ל, פרקים מתולדות ההלכה לאורך ההיסטוריה (מימי בית שני וההלכה הכיתתית ועד ימינו) ולרוחב ההלכה (תפילה, מועדים, כשרות, אישות וענייני חושן משפט), ונושאים מן המשפט העברי (בעיקר בתחום אישות וחושן משפט).
המחלקה פתוחה לכול ורואה חשיבות מרובה בקליטת תלמידים מסוגי רקע שונים. במסגרת המחלקה קיימת מגמה מיוחדת לתורה-שבעל-פה המיועדת לתלמידים שאינם בעלי רקע תלמודי נרחב. מספר תכניות מחקר העוסקות בתחומים השונים של המחקר שפורטו למעלה קיימות במחלקה, ותלמידי המחלקה יכולים להשתלב בתכניות אלה. המחלקה מציעה מספר מלגות צנועות לתלמידיה על פי שיקולים של הצטיינות בלימודים ומצב כלכלי