בשלב הלימודים לתואר מוסמך מושם הדגש על העמקת ההתמחות במקצועות האנטומולוגיה, המיקרוביולוגיה, הפיטופתולוגיה, הנמטולוגיה והוירולוגיה, וכן לימוד ופיתוח גישות חדישות להגנת הצומח והסביבה. שיטות אלו מבוססות על התפתחויות בביוטכנולוגיה, אקולוגיה ומדעי איכות הסביבה. ניתן לשלב לימודים בחוג זה עם התמחות..
החוג מציע שילוב של מצוינות אקדמית ולימודים בתחומי הכלכלה והכלכלה חקלאית. מטרת החוג היא להקנות לתלמידיו ידע תיאורטי ומעשי בתורת הכלכלה עם דגש על הבעיות הכלכליות והניהוליות הקשורות עם המגזר החקלאי. מוסמכי החוג מבוקשים הן על ידי חברות פרטיות והן על ידי מוסדות ממשלתיים, במגזר החקלאי ומחוצה לו, ורבים..