הלימודים לתואר השני יתקיימו בשתי מגמות:
* המגמה למדעי החיים של הפעילות הגופנית בתחומים האלה: פיזיולוגיה של המאמץ, ביומכניקה ושיקום בתנועה;
* המגמה למדעי ההתנהגות והיבטים פדגוגיים של הפעילות הגופנית. במסגרת מגמה זו לומדים תכניות לימודים ודרכי הוראה בחינוך הגופני,
פסיכולוגיה ,..
הלימודים לתואר השני יתקיימו בשתי מגמות:
* המגמה למדעי החיים של הפעילות הגופנית בתחומים האלה: פיזיולוגיה של המאמץ, ביומכניקה ושיקום בתנועה;
* המגמה למדעי ההתנהגות והיבטים פדגוגיים של הפעילות הגופנית. במסגרת מגמה זו לומדים תכניות לימודים ודרכי הוראה בחינוך הגופני,
פסיכולוגיה , סוציולוגיה ופילוסופיה של החינוך הגופני.
מטרות התוכנית
* להכשיר בוגרים מומחים המסוגלים לבצע עבודות מחקר ופיתוח במדעי התנועה והספורט;
* להעמיק את הידע של מורים בהוראת החינוך הגופני והספורט בכל מערכות החינוך;
* להכשיר מורים להוראת מדעי התנועה בתכניות לבחינות הבגרות בחינוך הגופני ברמה מוגברת של 4 ו-5 יחידות לימוד;
* להכשיר כוח אדם לתפקידי הדרכה, אימון וייעוץ, בתחומים של מדעי החינוך הגופני ובארגוני הספורט ברשויות המקומיות, בכוחות הביטחון ובמסגרות
פרטיות;
* להכשיר סגל בכיר לתפקידי תכנון, ארגון, פיקוח וניהול של הפעילות הגופנית בספורט בביה"ס, ברשויות המקומיות ובמוסדות הספורט בישראל;
* להכשיר מומחים ואנשי מקצוע לשיקום בתנועה ולטיפוח הפעילות הספורטיבית של תלמידים בחינוך המיוחד ושל אוכלוסיות האחרות בעלות צרכים
מיוחדים (שיקום לב ריאה, ספורט נכים, ניתוח התנהגות ופעילות גופנית לקשישים)